针对10月份自动离职后9月份工资全被扣的问题，其合法性判断的核心法律依据是《中华人民共和国劳动合同法》。《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定：“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。”该条款明确了劳动者离职的预告义务。在您10月份选择自动离职的场景下，如果您未提前三十日（正式员工）或三日（试用期员工）以书面形式通知用人单位，那么您的离职行为可能构成违法解除劳动合同。然而，即便如此，用人单位也不能因此全额扣除您9月份的工资。因为9月份工资是您在9月份付出劳动的对价，根据《劳动合同法》第三十条“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬”的规定，用人单位有义务支付。只有在您的自动离职行为给用人单位造成了实际经济损失，且用人单位能够提供充分证据证明该损失的情况下，用人单位才可以依据《劳动合同法》第九十条“劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任”，要求您承担赔偿责任，但赔偿金额不得超过您当月工资，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。综上，仅以自动离职为由全额扣除9月份工资是不合法的。
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10月份自动离职后9月份工资全被扣，可能会面临一些法律风险，以下为您举例说明：1、用人单位要求员工赔偿损失的风险：如果员工10月份自动离职未提前通知用人单位，且给用人单位造成了实际经济损失，例如，因员工突然离职导致某项工作中断，给用人单位带来了直接的经济损失（如与客户签订的合同无法按时履行需支付违约金等），用人单位可能会依据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条的规定，要求员工赔偿该损失。此时，员工需要对是否造成损失以及损失的金额与用人单位进行抗辩。2、劳动仲裁时效风险：根据相关法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。如果员工在10月份自动离职后，知道9月份工资被全扣，但一直未采取任何维权措施，超过一年后才申请劳动仲裁，可能会因超过仲裁时效而无法通过仲裁维护自己的权益。例如，员工在2023年10月自动离职，9月份工资被扣，直到2025年1月才申请劳动仲裁，此时就可能超过了仲裁时效。
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关于10月份自动离职后9月份工资全被扣是否合法，这需要结合具体情况判断。一般而言，用人单位无权因员工自动离职而全额克扣其已提供劳动的工资。如果或若存在员工未提前通知用人单位即自动离职的情况：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。若员工未提前通知，属于违法解除劳动合同，给用人单位造成损失的，用人单位可以要求员工赔偿，但赔偿金额需有证据支持，且不得直接全额扣除工资。如果或若存在用人单位以员工自动离职为由，无任何合法依据全额扣除9月份工资的情况：这种行为通常是不合法的。9月份工资是员工在9月份为用人单位提供劳动应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。即使员工存在自动离职行为，用人单位也只能在符合法定条件下（如员工给单位造成损失且有证据）扣除部分工资以弥补损失，而非全部扣除。关于10月份自动离职后9月份工资全被扣是否合法，这需要结合具体情况判断。一般而言，用人单位无权因员工自动离职而全额克扣其已提供劳动的工资。如果或若存在员工未提前通知用人单位即自动离职的情况：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。若员工未提前通知，属于违法解除劳动合同，给用人单位造成损失的，用人单位可以要求员工赔偿，但赔偿金额需有证据支持，且不得直接全额扣除工资。如果或若存在用人单位以员工自动离职为由，无任何合法依据全额扣除9月份工资的情况：这种行为通常是不合法的。9月份工资是员工在9月份为用人单位提供劳动应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。即使员工存在自动离职行为，用人单位也只能在符合法定条件下（如员工给单位造成损失且有证据）扣除部分工资以弥补损失，而非全部扣除。
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在处理10月份自动离职后9月份工资全被扣的问题时，存在一些特殊情况或例外情形，会对处理结果产生影响：1、用人单位存在违法行为：如果用人单位在员工工作期间存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬（除了本次被扣的9月份工资外，之前也存在拖欠工资情况）、未依法为劳动者缴纳社会保险费等违法行为，员工可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，立即解除劳动合同，而无需提前通知用人单位。在这种情况下，员工10月份的自动离职行为是合法的，用人单位更无权以此为由全额扣除9月份工资，员工还可以要求用人单位支付经济补偿。2、双方协商一致缩短或免除提前通知期：如果员工在10月份自动离职前，与用人单位协商一致，用人单位同意员工无需提前三十日或三日通知即可离职，那么员工的离职行为是合法的，用人单位不能以员工未提前通知为由扣除9月份工资。这种协商一致的情况会使得员工的离职程序合法，从而避免因未提前通知而产生的工资扣除争议。3、员工自动离职给用人单位造成重大经济损失且有确凿证据：虽然用人单位一般不能全额扣除工资，但如果员工的自动离职行为确实给用人单位造成了重大经济损失，且用人单位能够提供充分、确凿的证据证明损失的存在及金额，那么用人单位可以要求员工赔偿损失，赔偿金额可以从员工的工资中扣除，但扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这种情况下，工资扣除是基于员工的过错赔偿，而非单纯因自动离职。

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